| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-455-v1 Ami-Mir-455-v1 Bta-Mir-455-v1 Cfa-Mir-455-v1 Cja-Mir-455-v1 Cli-Mir-455-v1 Cmi-Mir-455-v1 Cpi-Mir-455-v1 Cpo-Mir-455-v1 Dno-Mir-455-v1 Ebu-Mir-455-v1 Eca-Mir-455-v1 Ete-Mir-455-v1 Gga-Mir-455-v1 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v1 Laf-Mir-455-v1 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v1 Mdo-Mir-455-v1 Mml-Mir-455-v1 Mmr-Mir-455-v1 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v1 Ocu-Mir-455-v1 Pab-Mir-455-v1 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v1 Sha-Mir-455-v1 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v1 Tgu-Mir-455-v1 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr4: 63256867-63256923 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v1) |
Mir-455-v2
chr4: 63256866-63256924 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 chr4: 63256866-63256924 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 chr4: 63256867-63256923 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-455-v1 |
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| Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUCCUGUGCUGCCCUCCCUGGUGUGAGCGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGAACGCAGCACCAUGCAGUCCACGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUCUAUGUCAUCGAGGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUCCUGUGCUGCCCUC- -| U UG C U A C UGAAC CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G \ GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C G CCAGGAGCUACUGUAUCU A^ C GU A C C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Mature sequence | Mmu-Mir-455-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003485 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGUGCCUUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003485 TargetScanVert: mmu-miR-455-5p miRDB: MIMAT0003485 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-455-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUGCAGUCCACGGGCAUAUACA -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003742 TargetScanVert: mmu-miR-455-3p.1 miRDB: MIMAT0003742 |
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| Variant | Mmu-Mir-455-v2 |
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| Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUCCUGUGCUGCCCUCCCUGGUGUGAGCGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGAACGCAGCACCAUGCAGUCCACGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUCUAUGUCAUCGAGGACCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCCUGUGCUGCCCU--| C U UG C U A CGUGAAC CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU \ GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA G CCCAGGAGCUACUGUAUCU^ A C GU A C C CCACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-455-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003485 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAU -21
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003485 TargetScanVert: mmu-miR-455-5p miRDB: MIMAT0003485 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-455-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GCAGUCCACGGGCAUAUACAC -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003742 TargetScanVert: mmu-miR-455-3p.1 miRDB: MIMAT0003742 |
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| Variant | Mmu-Mir-455-v3 |
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| Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUCCUGUGCUGCCCUCCCUGGUGUGAGCGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGAACGCAGCACCAUGCAGUCCACGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUCUAUGUCAUCGAGGACCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCCUGUGCUGCCCU--| C U UG C U A CGUGAAC CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU \ GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA G CCCAGGAGCUACUGUAUCU^ A C GU A C C CCACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-455-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003485 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAUC -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003485 TargetScanVert: mmu-miR-455-5p miRDB: MIMAT0003485 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-455-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGCAGUCCACGGGCAUAUACAC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003742 TargetScanVert: mmu-miR-455-3p.1 miRDB: MIMAT0003742 |
