MirGeneDB ID | Tgu-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-mir-146c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tgu-Mir-146-P1 Tgu-Mir-146-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-146-P4 Bta-Mir-146-P4-v1 Cfa-Mir-146-P4 Cja-Mir-146-P4 Cli-Mir-146-P4 Cmi-Mir-146-P4 Cpi-Mir-146-P4 Cpo-Mir-146-P4 Dno-Mir-146-P4 Dre-Mir-146-P4-v1 Ebu-Mir-146 Eca-Mir-146-P4-v1 Gga-Mir-146-P4 Hsa-Mir-146-P4 Laf-Mir-146-P4 Lch-Mir-146-P4 Loc-Mir-146-P4 Mdo-Mir-146-P4 Mml-Mir-146-P4 Mmr-Mir-146-P4 Mmu-Mir-146-P4 Mun-Mir-146-P4 Neu-Mir-146-P4 Oan-Mir-146-P4 Ocu-Mir-146-P4 Pab-Mir-146-P4 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P4 Sha-Mir-146-P4 Spt-Mir-146-P4 Sto-Mir-146-P4 Xla-Mir-146-P4 Xtr-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
13: 2361944-2362007 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGAAAAUGAAUGUCAUUUAUUCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGGUUGUAAUUGAAUCUGCUGUCAGACCCAUGGGGCUCAGUUCUUCAGCUUGGAUAUUUCUGUCUUCACAUACACAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGAAAAUGAAUGUCAUUUAU--| C UU A GUAAUUGAA UCU AGCU GAGAACUGA UUCCAUGGGUU \ AGG UCGA UUCUUGACU GGGGUACCCAG U GACACAUACACUUCUGUCUUUAU^ U C- C ACUGUCGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tgu-Mir-146-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0014609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUGGGUUG -23
Get sequence
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Star sequence | Tgu-Mir-146-P4_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- ACCCAUGGGGCUCAGUUCUUCA -64
Get sequence
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