| MirGeneDB ID | Sha-Mir-199-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-199-P1-v1 Sha-Mir-199-P2-v1 Sha-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P2-v1 Ami-Mir-199-P2-v1 Bta-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cja-Mir-199-P2-v1 Cli-Mir-199-P2-v1 Cmi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpo-Mir-199-P2-v1 Dno-Mir-199-P2-v1 Dre-Mir-199-P2a-v1 Dre-Mir-199-P2b-v1 Eca-Mir-199-P2-v1 Ete-Mir-199-P2-v1 Gga-Mir-199-P2-v1 Gja-Mir-199-P2-v1 Gmo-Mir-199-P2a-v1 Hsa-Mir-199-P2-v1 Laf-Mir-199-P2-v1 Lch-Mir-199-P2 Loc-Mir-199-P2-v1 Mal-Mir-199-P2a-v1 Mdo-Mir-199-P2-v1 Mml-Mir-199-P2-v1 Mmr-Mir-199-P2-v1 Mmu-Mir-199-P2-v1 Oan-Mir-199-P2-v1 Ocu-Mir-199-P2-v1 Pab-Mir-199-P2-v1 Pbv-Mir-199-P2-v1 Pma-Mir-199-o2-v1 Rno-Mir-199-P2-v1 Spt-Mir-199-P2 Sto-Mir-199-P2-v1 Tgu-Mir-199-P2-v1 Tni-Mir-199-P2a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL838915.1: 7112-7172 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P2-v2) |
Mir-199-P2-v1
GL838915.1: 7112-7172 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P2-v2 GL838915.1: 7112-7172 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P2-v3 GL838915.1: 7112-7172 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Mir-199-P2-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACAGAAGGACACAGACUCCACUCCGUCUACCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUCAGGACUCCAAUAUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGCUACACACGGUGUCGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACAGAAGGACACAGAC- CU -| C U U U GGACU UCCA CC GUCUA CCAGUGU UAGACUA CUGU CA C GGGU GG CGGAU GGUUACA GUCUGAU GACA GU C CGUGCUGUGGCACACAUC CG U^ U C - U UAUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-199-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUCA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-199-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
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| Variant | Sha-Mir-199-P2-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACAGAAGGACACAGACUCCACUCCGUCUACCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUCAGGACUCCAAUAUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGCUACACACGGUGUCGUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACAGAAGGACACAGAC- CU -| C U U U AGGACU UCCA CC GUCUA CCAGUGU UAGACUA CUGU C C GGGU GG CGGAU GGUUACA GUCUGAU GACA G C CGUGCUGUGGCACACAUC CG U^ U C - U UUAUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-199-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-199-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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| Variant | Sha-Mir-199-P2-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACAGAAGGACACAGACUCCACUCCGUCUACCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUCAGGACUCCAAUAUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGCUACACACGGUGUCGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACAGAAGGACACAGAC- CU -| C U U UCAGGACU UCCA CC GUCUA CCAGUGU UAGACUA CUGU C GGGU GG CGGAU GGUUACA GUCUGAU GACA C CGUGCUGUGGCACACAUC CG U^ U C - UGUUAUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-199-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUUAGACUAUCUGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-199-P2-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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