MirGeneDB ID | Bta-Mir-199-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-199a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-199-P1-v1 Bta-Mir-199-P1-v2 Bta-Mir-199-P1-v3 Bta-Mir-199-P2-v2 Bta-Mir-199-P2-v3 Bta-Mir-199-P3-v1 Bta-Mir-199-P3-v2 Bta-Mir-199-P3-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-199-P2-v1 Aca-Mir-199-P2-v2 Aca-Mir-199-P2-v3 Ami-Mir-199-P2-v1 Ami-Mir-199-P2-v2 Ami-Mir-199-P2-v3 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P2-v2 Cfa-Mir-199-P2-v3 Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P2-v2 Cpi-Mir-199-P2-v3 Cpo-Mir-199-P2-v1 Cpo-Mir-199-P2-v2 Cpo-Mir-199-P2-v3 Dre-Mir-199-P2-v1 Dre-Mir-199-P2-v2 Dre-Mir-199-P2-v3 Ete-Mir-199-P2-v1 Ete-Mir-199-P2-v2 Ete-Mir-199-P2-v3 Hsa-Mir-199-P2-v1 Hsa-Mir-199-P2-v2 Hsa-Mir-199-P2-v3 Mdo-Mir-199-P2-v1 Mdo-Mir-199-P2-v2 Mdo-Mir-199-P2-v3 Mml-Mir-199-P2-v1 Mml-Mir-199-P2-v2 Mml-Mir-199-P2-v3 Mmu-Mir-199-P2-v1 Mmu-Mir-199-P2-v2 Mmu-Mir-199-P2-v3 Ocu-Mir-199-P2-v1 Ocu-Mir-199-P2-v2 Ocu-Mir-199-P2-v3 Sha-Mir-199-P2-v1 Sha-Mir-199-P2-v2 Sha-Mir-199-P2-v3 Xtr-Mir-199-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (bosTau8) |
chr7: 16508929-16508991 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered MiRNAs (< 10kb from Mir-199-P2-v1) |
Mir-199-P2-v1
chr7: 16508929-16508991 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P2-v2 chr7: 16508929-16508991 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P2-v3 chr7: 16508929-16508991 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGGGAUGGAUGGACAGCCGGCCCCGCCAACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGGGGCUCUGAAUGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUUGGGCAAGCGGCGCGUCGGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGGGAUGGAUGGACAG- -| C AAC U C U AGGGGGC CC GGCCC GCC CCAGUGU CAGACUAC UGU C U GG UCGGG CGG GGUUACA GUCUGAUG ACA G C AGGGCUGCGCGGCGAACG U^ U AUU C - U UGUAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Mir-199-P2-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MirBase accession | MIMAT0003544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validated targets |
TargetScanVert: bta-miR-199a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-199-P2-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MirBase accession | MIMAT0003746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validated targets |
TargetScanVert: bta-miR-199a-3p |