MirGeneDB ID | Rno-Mir-430-P7b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-291b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P3 Rno-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P5a Rno-Mir-430-P5b Rno-Mir-430-P5c Rno-Mir-430-P6a Rno-Mir-430-P6b Rno-Mir-430-P7a Rno-Mir-430-P7c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-430-P7 Cja-Mir-430-P7 Eca-Mir-430-P7 Hsa-Mir-430-P7 Laf-Mir-430-P7 Mml-Mir-430-P7 Mmr-Mir-430-P7 Mmu-Mir-430-P7b Pab-Mir-430-P7 Xla-Mir-430-o7b Xtr-Mir-430-o7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr1: 64537854-64537910 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P7b) |
Mir-430-P6b
chr1: 64536633-64536691 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P7c chr1: 64536751-64536808 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P5c chr1: 64537114-64537171 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P7b chr1: 64537854-64537910 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P5b chr1: 64538128-64538189 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P7a chr1: 64538418-64538475 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P5a chr1: 64538716-64538773 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | AUCAAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCGGAUCUUGGAAGUUGGAACACAGGGUCCAUCAAAGUGGAGGCCCUCUCCGUGGCUUGGCGGGAAAGUGCAUCCAUUUUGUUAGUCUCUGUGUCCCGCUGGACUCACCUGCCUGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUCGGAUCUUGGAAGUU--| A UCCAU G C C GUGGC GG ACACAGGG CAAAGUGGA GC CU UCC \ CC UGUGUCUC GUUUUACCU CG GA AGG U CGUCCGUCCACUCAGGUCG^ C UGAUU A U A GCGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Mir-430-P7b_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCAAAGUGGAGGCCCUCUCC -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Rno-Mir-430-P7b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0017822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AAAGUGCAUCCAUUUUGUUAGU -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-291b miRDB: MIMAT0017822 |