| MirGeneDB ID | Pab-Mir-430-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-430-P1 Pab-Mir-430-P2 Pab-Mir-430-P3 Pab-Mir-430-P4 Pab-Mir-430-P5 Pab-Mir-430-P6 Pab-Mir-430-P8 Pab-Mir-430-P9a Pab-Mir-430-P9b Pab-Mir-430-P10 Pab-Mir-430-P11 Pab-Mir-430-P12a Pab-Mir-430-P12b Pab-Mir-430-P13 Pab-Mir-430-P14 Pab-Mir-430-P15 Pab-Mir-430-P16 Pab-Mir-430-P17 Pab-Mir-430-P18 Pab-Mir-430-P19 Pab-Mir-430-P20 Pab-Mir-430-P21 Pab-Mir-430-P22 Pab-Mir-430-P23 Pab-Mir-430-P24 Pab-Mir-430-P27 Pab-Mir-430-P28 Pab-Mir-430-P29a Pab-Mir-430-P29b Pab-Mir-430-P29c Pab-Mir-430-P30 Pab-Mir-430-P31a Pab-Mir-430-P31b Pab-Mir-430-P32 Pab-Mir-430-P33a Pab-Mir-430-P33b Pab-Mir-430-P34a Pab-Mir-430-P34b Pab-Mir-430-P36 Pab-Mir-430-P37a Pab-Mir-430-P37b Pab-Mir-430-P37c Pab-Mir-430-P38 Pab-Mir-430-P39 Pab-Mir-430-P40a Pab-Mir-430-P40b Pab-Mir-430-P41a Pab-Mir-430-P41b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-430-P7 Cfa-Mir-430-P7d1 Cfa-Mir-430-P7d2 Cja-Mir-430-P7 Eca-Mir-430-P7 Hsa-Mir-430-P7 Laf-Mir-430-P7 Mml-Mir-430-P7 Mmr-Mir-430-P7 Mmu-Mir-430-P7a Mmu-Mir-430-P7b Mmu-Mir-430-P7c Rno-Mir-430-P7a Rno-Mir-430-P7b Rno-Mir-430-P7c Xla-Mir-430-o7a Xla-Mir-430-o7b Xtr-Mir-430-o7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054699.2: 60167226-60167286 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P7) |
Mir-430-P33b
CM054699.2: 60117180-60117239 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P31b CM054699.2: 60123298-60123358 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P39 CM054699.2: 60127563-60127622 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P40b CM054699.2: 60128764-60128824 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P40a CM054699.2: 60128764-60128824 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37c CM054699.2: 60130340-60130399 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P41a CM054699.2: 60132457-60132520 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P41b CM054699.2: 60136864-60136927 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P5 CM054699.2: 60165981-60166039 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P6 CM054699.2: 60166193-60166251 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P7 CM054699.2: 60167226-60167286 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAUCCUUGCGAGGAGCUCAUACUGGGAUACUCAAAAUGGGGGCGCUUUCCUUUUUCUCUGUACUGGGAAGUGCUUCGAUUUUGGGGUGUCCCUGUUUGAGUAGGGCAUCACGAACCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAUCCUUGCGAGGAG-- U U -| G UUUUUC CUCA AC GGGAUA CUCAAAAU GGGGCGCUUUCC U GAGU UG CCCUGU GGGUUUUA CUUCGUGAAGGG C CUACCAAGCACUACGGGAU U U G^ G UCAUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-430-P7_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCAAAAUGGGGGCGCUUUCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-430-P7_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAAGUGCUUCGAUUUUGGGGUGU -61
Get sequence
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