| MirGeneDB ID | Pab-Mir-430-P33b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-430-P1 Pab-Mir-430-P2 Pab-Mir-430-P3 Pab-Mir-430-P4 Pab-Mir-430-P5 Pab-Mir-430-P6 Pab-Mir-430-P7 Pab-Mir-430-P8 Pab-Mir-430-P9a Pab-Mir-430-P9b Pab-Mir-430-P10 Pab-Mir-430-P11 Pab-Mir-430-P12a Pab-Mir-430-P12b Pab-Mir-430-P13 Pab-Mir-430-P14 Pab-Mir-430-P15 Pab-Mir-430-P16 Pab-Mir-430-P17 Pab-Mir-430-P18 Pab-Mir-430-P19 Pab-Mir-430-P20 Pab-Mir-430-P21 Pab-Mir-430-P22 Pab-Mir-430-P23 Pab-Mir-430-P24 Pab-Mir-430-P27 Pab-Mir-430-P28 Pab-Mir-430-P29a Pab-Mir-430-P29b Pab-Mir-430-P29c Pab-Mir-430-P30 Pab-Mir-430-P31a Pab-Mir-430-P31b Pab-Mir-430-P32 Pab-Mir-430-P33a Pab-Mir-430-P34a Pab-Mir-430-P34b Pab-Mir-430-P36 Pab-Mir-430-P37a Pab-Mir-430-P37b Pab-Mir-430-P37c Pab-Mir-430-P38 Pab-Mir-430-P39 Pab-Mir-430-P40a Pab-Mir-430-P40b Pab-Mir-430-P41a Pab-Mir-430-P41b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-430-P33b Mal-Mir-430-o33 Mml-Mir-430-P33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Hominidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054699.2: 60117180-60117239 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P33b) |
Mir-430-P17
CM054699.2: 60068244-60068302 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P18 CM054699.2: 60071752-60071810 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P19 CM054699.2: 60072570-60072629 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P20 CM054699.2: 60074951-60075010 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P21 CM054699.2: 60075801-60075859 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P23 CM054699.2: 60078632-60078692 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P24 CM054699.2: 60080167-60080225 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P22 CM054699.2: 60083737-60083795 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P27 CM054699.2: 60086239-60086297 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P28 CM054699.2: 60088126-60088184 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P29a CM054699.2: 60089389-60089449 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P30 CM054699.2: 60090468-60090529 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P31a CM054699.2: 60093779-60093844 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P32 CM054699.2: 60095726-60095785 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P29b CM054699.2: 60096688-60096746 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P33a CM054699.2: 60097783-60097842 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P34a CM054699.2: 60101023-60101085 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P36 CM054699.2: 60104383-60104441 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37a CM054699.2: 60105579-60105637 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P38 CM054699.2: 60109482-60109540 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P34b CM054699.2: 60111454-60111516 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37b CM054699.2: 60113972-60114030 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P29c CM054699.2: 60115975-60116033 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P33b CM054699.2: 60117180-60117239 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P31b CM054699.2: 60123298-60123358 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P39 CM054699.2: 60127563-60127622 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P40a CM054699.2: 60128764-60128824 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P40b CM054699.2: 60128764-60128824 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P37c CM054699.2: 60130340-60130399 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P41a CM054699.2: 60132457-60132520 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P41b CM054699.2: 60136864-60136927 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P5 CM054699.2: 60165981-60166039 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P6 CM054699.2: 60166193-60166251 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P7 CM054699.2: 60167226-60167286 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAGCAAGAAGAUCCCACGCUGUGACCCUCUAGAGGAAGCACUUUCUGUUUGUUGUCCGAGAGAAAACAAAGUGCUUCCCUUUAGAGUGUUACGUUUGGGAAAAGCCGCGUUGAAGUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUGGAGCAAGAAGAUCC---| C U C - UC UGUUGUC CA GC GUGAC CUCUAGAGG AAGCACUU UGUU \ GU UG CAUUG GAGAUUUCC UUCGUGAA ACAA C UUGAAGUUGCGCCGAAAAGG^ U - U C -- AAGAGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pab-Mir-430-P33b_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUAGAGGAAGCACUUUCUGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pab-Mir-430-P33b_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAAAGUGCUUCCCUUUAGAGU -60
Get sequence
|
