| MirGeneDB ID | Mml-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mml-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Dno-Mir-489 Eca-Mir-489 Gja-Mir-489 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003339765.3_Mmul_10_traces) |
CM014338.1: 112622810-112622871 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v2) |
Mir-489-v2
CM014338.1: 112622810-112622871 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-489-v1 CM014338.1: 112622811-112622870 [+] UCSC Ensembl Mir-653 CM014338.1: 112623903-112623959 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mml-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUGACUACUGCUGUUGGUGGCAGCUUGGUGGUCGUAUGUGUGGCGCCAUUUACUUGAACCUUUAGGAGUGACAUCACAUAUACGGCAGCUAAACUGUUACAUAGGACAACAAGAGGUUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUGACUACUGCUGUUG--| C G CGC UACUUGA GUGGCAG UUGGU GUCGUAUGUGUGG CAUU A CAUUGUC AAUCG CGGCAUAUACACU GUGA C GUUUGGAGAACAACAGGAUA^ A A ACA GGAUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mml-Mir-489-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0026883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUGUGGCGCCAUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-489-5p |
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| Mature sequence | Mml-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACAUCACAUAUACGGCAGCU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-489-3p |
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| Variant | Mml-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGACUACUGCUGUUGGUGGCAGCUUGGUGGUCGUAUGUGUGGCGCCAUUUACUUGAACCUUUAGGAGUGACAUCACAUAUACGGCAGCUAAACUGUUACAUAGGACAACAAGAGGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUGACUACUGCUGUUG--| C G CGC ACUUGA GUGGCAG UUGGU GUCGUAUGUGUGG CAUUU A CAUUGUC AAUCG CGGCAUAUACACU GUGAG C UUUGGAGAACAACAGGAUA^ A A ACA GAUUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mml-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUGUGGCGCCAUUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-489-5p |
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| Mature sequence | Mml-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGACAUCACAUAUACGGCAGC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-489-3p |
