| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-101-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-101-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-101-P1-v1 Mdo-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-101-P2-v1 Ami-Mir-101-P2-v1 Bta-Mir-101-P2-v1 Cfa-Mir-101-P2-v1 Cja-Mir-101-P2-v1 Cli-Mir-101-P2-v1 Cmi-Mir-101-P2-v1 Cpi-Mir-101-P2-v1 Cpo-Mir-101-P2-v1 Dno-Mir-101-P2-v1 Dre-Mir-101-P2-v1 Eca-Mir-101-P2-v1 Ete-Mir-101-P2-v1 Gga-Mir-101-P2-v1 Gja-Mir-101-P2-v1 Gmo-Mir-101-P2-v1 Hsa-Mir-101-P2-v1 Laf-Mir-101-P2-v1 Lch-Mir-101-P2 Loc-Mir-101-P2-v1 Mal-Mir-101-P2-v1 Mml-Mir-101-P2-v1 Mmr-Mir-101-P2-v1 Mmu-Mir-101-P2-v1 Mun-Mir-101-P2-v1 Neu-Mir-101-P2-v1 Oan-Mir-101-P2-v1 Ocu-Mir-101-P2-v1 Pab-Mir-101-P2-v1 Pbv-Mir-101-P2-v1 Rno-Mir-101-P2-v1 Sha-Mir-101-P2-v1 Spt-Mir-101-P2 Sto-Mir-101-P2-v1 Tgu-Mir-101-P2-v1 Tni-Mir-101-P2-v1 Xla-Mir-101-P2a-v1 Xla-Mir-101-P2b-v1 Xtr-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
6: 166669178-166669234 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-101-P2-v2) |
Mir-101-P2-v1
6: 166669177-166669235 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-101-P2-v2 6: 166669178-166669234 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mdo-Mir-101-P2-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUAAAAAAGAAGACUGAACUGUCCUUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGAUGCUGUAUAUGUGAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGAAUGGUGGUGCCAUCACAUGAAGGGGGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUAAAAAAGAAGACUGA--| UG C CGA GUAUA AC UC UUUUUCGGUUAUCAUGGUAC UGCU U UG GG AAGAAGUCAAUAGUGUCAUG AUGG G AGGGGGGAAGUACACUACCG^ GU U AC- AAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-101-P2-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0026657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUUAUCAUGGUACCGAUGCUG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-101-2-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-101-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-101-3p |
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| Variant | Mdo-Mir-101-P2-v1 |
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| Seed | ACAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGUAAAAAAGAAGACUGAACUGUCCUUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGAUGCUGUAUAUGUGAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGAAUGGUGGUGCCAUCACAUGAAGGGGGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGUAAAAAAGAAGACUGA--| UG C CGA GUAUA AC UC UUUUUCGGUUAUCAUGGUAC UGCU U UG GG AAGAAGUCAAUAGUGUCAUG AUGG G GAGGGGGGAAGUACACUACCG^ GU U AC- AAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-101-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGUUAUCAUGGUACCGAUGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-101-2-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-101-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-101-3p |
