| MirGeneDB ID | Mal-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Dno-Mir-489 Eca-Mir-489 Gja-Mir-489 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884831.1: 258105-258165 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v2) |
Mir-489-v2
KV884831.1: 258105-258165 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489-v1 KV884831.1: 258106-258164 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCAUCUGUUGAUAUUGGUGGUGGCCUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUCAAUGUUUGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUACAUGGGACAUCAGCAUGUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUCAUCUGUUGAUAUUG--| UG CC UG C UACUUCA GUGG G UGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUU \ CAUC C AUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA A UUUUGUACGACUACAGGGUA^ GU AA GU A GGUUUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-489-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -61
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCAUCUGUUGAUAUUGGUGGUGGCCUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUCAAUGUUUGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUACAUGGGACAUCAGCAUGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCAUCUGUUGAUAUUG--| UG CC UG C ACUUCA GUGG G UGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUUU \ CAUC C AUC CGGCAUGUAUACU CAGUGAG A UUUGUACGACUACAGGGUA^ GU AA GU A GUUUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUAUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -59
Get sequence
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