| MirGeneDB ID | Mal-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-144-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-144 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Dno-Mir-144 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Oan-Mir-144 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884735.1: 275834-275892 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v2) |
Mir-144-v1
KV884735.1: 275834-275892 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v2 KV884735.1: 275834-275892 [+] UCSC Ensembl Mir-451 KV884735.1: 275983-276024 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-144-v2 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUAAUGGUUAUGUCUUGUGCCCUGGACAGGAUAUCAUCUUAUACUGUAAGUUUAUUAAAGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAUCCAGGGUCUCAUUCCUCCUCCAGCAAUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCUAAUGGUUAUGUCU- U-| C G U A UUAUUA UG GCCCUGGA AG AUAUCAUCU AUACUGUA GU \ AC UGGGACCU UC UGUAGUAGA UAUGACAU CA A AAUAACGACCUCCUCCUU UC^ A A - - CAGAGA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-144-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCUUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Mal-Mir-144-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -59
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-144-v1 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUAAUGGUUAUGUCUUGUGCCCUGGACAGGAUAUCAUCUUAUACUGUAAGUUUAUUAAAGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAUCCAGGGUCUCAUUCCUCCUCCAGCAAUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCUAAUGGUUAUGUCU- U-| C G U AGUUUAUU UG GCCCUGGA AG AUAUCAUCU AUACUGUA A AC UGGGACCU UC UGUAGUAGA UAUGACAU A AAUAACGACCUCCUCCUU UC^ A A - CACAGAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-144-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCUUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Mal-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -59
Get sequence
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