| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-199-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-199-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-199-P1a-v1 Gmo-Mir-199-P1b-v1 Gmo-Mir-199-P2a-v1 Gmo-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P2-v1 Ami-Mir-199-P2-v1 Bta-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cja-Mir-199-P2-v1 Cli-Mir-199-P2-v1 Cmi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpo-Mir-199-P2-v1 Dno-Mir-199-P2-v1 Dre-Mir-199-P2a-v1 Eca-Mir-199-P2-v1 Ete-Mir-199-P2-v1 Gga-Mir-199-P2-v1 Gja-Mir-199-P2-v1 Hsa-Mir-199-P2-v1 Laf-Mir-199-P2-v1 Lch-Mir-199-P2 Loc-Mir-199-P2-v1 Mal-Mir-199-P2a-v1 Mdo-Mir-199-P2-v1 Mml-Mir-199-P2-v1 Mmr-Mir-199-P2-v1 Mmu-Mir-199-P2-v1 Oan-Mir-199-P2-v1 Ocu-Mir-199-P2-v1 Pab-Mir-199-P2-v1 Pbv-Mir-199-P2-v1 Pma-Mir-199-o2-v1 Rno-Mir-199-P2-v1 Sha-Mir-199-P2-v1 Spt-Mir-199-P2 Sto-Mir-199-P2-v1 Tgu-Mir-199-P2-v1 Tni-Mir-199-P2a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_57: 822222-822282 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P2a-v2) |
Mir-199-P2a-v1
GeneScaffold_57: 822222-822282 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P2a-v2 GeneScaffold_57: 822222-822282 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P2a-v3 GeneScaffold_57: 822222-822282 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gmo-Mir-199-P2a-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUCUCCCUCCCAGCCACCCAGUCCGCCUCCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAAGUAGUGGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGCCAGGGACAGUCCGGCACCCCCCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCUCCCUCCCAGCCA- A-| C CC U C U GGAAG CCC GUC GCCU CCAGUGU CAGACUAC UGU CA U GGG CGG CGGA GGUUACA GUCUGAUG ACA GU A CCCCCCCACGGCCUGACA AC^ U UU C - U UGGUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-199-P2a-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-199-P2a-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gmo-Mir-199-P2a-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUCUCCCUCCCAGCCACCCAGUCCGCCUCCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAAGUAGUGGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGCCAGGGACAGUCCGGCACCCCCCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCUCCCUCCCAGCCA- A-| C CC U C U AGGAAG CCC GUC GCCU CCAGUGU CAGACUAC UGU C U GGG CGG CGGA GGUUACA GUCUGAUG ACA G A CCCCCCCACGGCCUGACA AC^ U UU C - U UUGGUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-199-P2a-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-199-P2a-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gmo-Mir-199-P2a-v3 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUCUCCCUCCCAGCCACCCAGUCCGCCUCCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAAGUAGUGGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGCCAGGGACAGUCCGGCACCCCCCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCUCCCUCCCAGCCA- A-| C CC U C UCAGGAAG CCC GUC GCCU CCAGUGU CAGACUAC UGU U GGG CGG CGGA GGUUACA GUCUGAUG ACA A CCCCCCCACGGCCUGACA AC^ U UU C - UGUUGGUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-199-P2a-v3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-199-P2a-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
