| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-137-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-137 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-137-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-137-P1b-v1 Gmo-Mir-137-P3a-v1 Gmo-Mir-137-P3b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-137-P3-v1 Aga-Mir-137 Agr-Mir-137 Ami-Mir-137-P3-v1 Asu-Mir-137 Ava-Mir-137 Bfl-Mir-137 Bko-Mir-137 Bpl-Mir-137 Cbr-Mir-137 Cel-Mir-137 Cli-Mir-137-P3 Cpi-Mir-137-P3-v1 Cte-Mir-137 Dan-Mir-137 Dgr-Mir-137 Dma-Mir-137 Dme-Mir-137 Dmo-Mir-137 Dpu-Mir-137 Dsi-Mir-137 Dya-Mir-137 Eba-Mir-137 Ebu-Mir-137 Esc-Mir-137 Gga-Mir-137-P3-v1 Gja-Mir-137-P3 Gpa-Mir-137 Hme-Mir-137 Hru-Mir-137 Isc-Mir-137 Lan-Mir-137 Lch-Mir-137-P3 Lgi-Mir-137 Lhy-Mir-137 Llo-Mir-137 Loc-Mir-137-P3-v1 Mal-Mir-137-P3a-v1 Mdo-Mir-137-P3-v1 Mgi-Mir-137 Mom-Mir-137 Mun-Mir-137-P3 Neu-Mir-137-P3 Oan-Mir-137-P3-v1 Obi-Mir-137 Ofu-Mir-137 Pau-Mir-137 Pbv-Mir-137-P3-v1 Pca-Mir-137 Pdu-Mir-137 Pma-Mir-137-o3 Pve-Mir-137 Rph-Mir-137 Sha-Mir-137-P3 Sko-Mir-137 Snu-Mir-137 Spu-Mir-137 Tur-Mir-137 War-Mir-137 Xbo-Mir-137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1590: 3340-3400 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-137-P3a-v2) |
Mir-137-P3a-v2
GeneScaffold_1590: 3340-3400 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-137-P3a-v1 GeneScaffold_1590: 3341-3399 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-137-P3a-v2 |
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| Seed | AUUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGAGGAAUGUCUGAGUGCUCCGUCUCGGCCACGGGUAUUCUUGGGUUGAUAAUACAGAUGUUGAUGUUAUUGCUUGAGAAUACGCGUAGCUGAGGGGAAGCCAUGGCCGACGGACAGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGAGGAAUGUCUGAGU-- -| G C G UG U ACAGA GC UCC UCUCGGC ACG GUAUUCU GGU GAUAAU U CG AGG GGAGUCG UGC CAUAAGA UCG UUAUUG G AGAGACAGGCAGCCGGUAC A^ - A G GU - UAGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-137-P3a-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACGGGUAUUCUUGGGUUGAUAAU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-137-P3a-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUUGCUUGAGAAUACGCGUAGC -61
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-137-P3a-v1 |
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| Seed | UAUUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGGAAUGUCUGAGUGCUCCGUCUCGGCCACGGGUAUUCUUGGGUUGAUAAUACAGAUGUUGAUGUUAUUGCUUGAGAAUACGCGUAGCUGAGGGGAAGCCAUGGCCGACGGACAGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGGAAUGUCUGAGUGC---| G C G UG U CAGA UCC UCUCGGC ACG GUAUUCU GGU GAUAAUA U AGG GGAGUCG UGC CAUAAGA UCG UUAUUGU G GAGACAGGCAGCCGGUACCGA^ - A G GU - AGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-137-P3a-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGGUAUUCUUGGGUUGAUAAUA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-137-P3a-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUAUUGCUUGAGAAUACGCGUAG -59
Get sequence
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