| MirGeneDB ID | Gja-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-1329-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cmi-Mir-1329 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015163689.1: 181907-181965 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1329-v2) |
Mir-1329-v1
NW_015163689.1: 181906-181966 [-]
Mir-1329-v2 NW_015163689.1: 181907-181965 [-] |
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| Variant | Gja-Mir-1329-v2 |
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| Seed | CAGUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUUCUGAGUCUACAUCUGGUUGUAGGGGUACAGUGAUCAGGUUACGACGGAUUUCUGUAACAACCACCUCGUAGCUCGAUCACCAUCUCCCUGUGACCCAGAUAACGGCCGGUUUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUUCUGAGUCUACAUCU--| UG UACA AG C AUUUCUG GGU UAGGGG GUGAUC GUUACGA GG U CCA GUCCCU CACUAG CGAUGCU CC A UAGUUUGGCCGGCAAUAGAC^ GU CUAC CU - ACCAACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-1329-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGUGAUCAGGUUACGACGGAU -23
Get sequence
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| Star sequence | Gja-Mir-1329-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUCGUAGCUCGAUCACCAUCU -59
Get sequence
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| Variant | Gja-Mir-1329-v1 |
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| Seed | ACAGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUUCUGAGUCUACAUCUGGUUGUAGGGGUACAGUGAUCAGGUUACGACGGAUUUCUGUAACAACCACCUCGUAGCUCGAUCACCAUCUCCCUGUGACCCAGAUAACGGCCGGUUUGAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGUUCUGAGUCUACAU- -| UG UACA AG C AUUUCUG CU GGU UAGGGG GUGAUC GUUACGA GG U GA CCA GUCCCU CACUAG CGAUGCU CC A GUAGUUUGGCCGGCAAUA C^ GU CUAC CU - ACCAACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-1329-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUGAUCAGGUUACGACGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Gja-Mir-1329-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCGUAGCUCGAUCACCAUCUC -61
Get sequence
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