MirGeneDB ID | Gga-Mir-1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1805 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1805 Ami-Mir-1805 Cli-Mir-1805 Cpi-Mir-1805 Gja-Mir-1805-P3 Gja-Mir-1805-P4 Mdo-Mir-1805 Neu-Mir-1805 Pbv-Mir-1805 Sha-Mir-1805 Spt-Mir-1805 Tgu-Mir-1805 Xla-Mir-1805-P1 Xla-Mir-1805-P2 Xtr-Mir-1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
1: 132328865-132328925 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAUUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUUUGUGAAAAAAGUGGAAUAUUCUGGGAGUUGUAGUCUUUCAAACAGAGCUUUGCAAGGACAUACCUGUAUUGGAACACUACAGCUCCCUGAACUUCCUCGCAGCACUGCCUGGGAAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAGUUUGUGAAAAAAGU---| UA U C - AGCUUUGC GGAA UUC GGGAGUUGUAGU UUUCAA ACAG A CCUU AAG CCCUCGACAUCA AAGGUU UGUC A GAAGGGUCCGUCACGACGCU^ C- U C A CAUACAGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-1805_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0007722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUGUAGUCUUUCAAACAGA -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-1805-5p miRDB: MIMAT0007722 |
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Mature sequence | Gga-Mir-1805_3p |
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mirBase accession | MIMAT0007723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGUAUUGGAACACUACAGCUCC -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-1805-3p miRDB: MIMAT0007723 |