| MirGeneDB ID | Ami-Mir-1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1805 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAUUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1805 Cli-Mir-1805 Cpi-Mir-1805 Gga-Mir-1805 Gja-Mir-1805-P3 Gja-Mir-1805-P4 Mdo-Mir-1805 Pbv-Mir-1805 Sha-Mir-1805 Spt-Mir-1805 Tgu-Mir-1805 Xla-Mir-1805-P1 Xla-Mir-1805-P2 Xtr-Mir-1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709042.1: 19192139-19192199 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGUUUCUGAAAGAAUGGAAUAUUCUGGGAGUUGUAGUCUUUCAAACAGAGCUUUGCAAGUACAUACCUGUAUUGGAACACUACAGCUCCCUGAACUUCCUAGUGUCACUGCCUAUGAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGUUUCUGAAAGAAU---| UA U C - AGCUUUGC GGAA UUC GGGAGUUGUAGU UUUCAA ACAG A CCUU AAG CCCUCGACAUCA AAGGUU UGUC A AAAGUAUCCGUCACUGUGAU^ C- U C A CAUACAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-1805_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGUAGUCUUUCAAACAGA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-1805_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGUAUUGGAACACUACAGCUCC -61
Get sequence
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