| MirGeneDB ID | Gja-Mir-1805-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1805 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-1805-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1805 Ami-Mir-1805 Cli-Mir-1805 Cpi-Mir-1805 Gga-Mir-1805 Mdo-Mir-1805 Neu-Mir-1805 Pbv-Mir-1805 Sha-Mir-1805 Spt-Mir-1805 Tgu-Mir-1805 Xtr-Mir-1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | G. japonicus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015217873.1: 798-858 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1805-P3) |
Mir-1805-P3
NW_015217873.1: 798-858 [-]
Mir-1805-P4 NW_015217873.1: 798-858 [-] |
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| Seed | GUAUUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGUACAUGAAAGACUGGAAUAUUCUGGGAGUUGUAGUCUUUCAAACAGAGCUCUGCAAGUAUAUACCUGUAUUGGAACACUACAGCUCCAGGAACUUCCUAGUGUCACUGGCUGUGAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGUACAUGAAAGACU---| UA G C - AGCUCUGC GGAA UUCU GGAGUUGUAGU UUUCAA ACAG A CCUU AAGG CCUCGACAUCA AAGGUU UGUC A AAAGUGUCGGUCACUGUGAU^ C- A C A CAUAUAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-1805-P3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGUAGUCUUUCAAACAGA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-1805-P3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGUAUUGGAACACUACAGCUCC -61
Get sequence
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