| MirGeneDB ID | Ete-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-361-v1 Cfa-Mir-361-v1 Cja-Mir-361-v1 Cpo-Mir-361-v1 Dno-Mir-361-v1 Eca-Mir-361-v1 Hsa-Mir-361-v1 Laf-Mir-361 Mml-Mir-361-v1 Mmr-Mir-361-v1 Mmu-Mir-361-v1 Ocu-Mir-361-v1 Pab-Mir-361-v1 Rno-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980378: 4175603-4175666 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v1) |
Mir-361-v1
JH980378: 4175603-4175666 [-]
UCSC
Mir-361-v2 JH980378: 4175604-4175665 [-] UCSC |
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| Variant | Ete-Mir-361-v1 |
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| Seed | UAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUAGUGAUUCUUUCCUGGGAUUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAUAAUUUGAAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCCCCUCCUCCUUUGAGAAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUAGUGAUUCUUUCCU-- UUU UU U--| A U UUAUAAU GGGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG AC U CCCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UG U ACUAAGAGUUUCCUCCUCC CUU UU UGU^ A C AAAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-361-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-361-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGC -64
Get sequence
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| Variant | Ete-Mir-361-v2 |
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| Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAGUGAUUCUUUCCUGGGAUUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAUAAUUUGAAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCCCCUCCUCCUUUGAGAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAGUGAUUCUUUCCUG-- UUU UU U--| A U UAUAAU GGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG ACU U CCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U CUAAGAGUUUCCUCCUCCC CUU UU UGU^ A C AAAAAG 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The mature form of this variant is most highly expressed as a 2 nt shorter form but is rarely accompanied by a 19 nt corresponding 5p star read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ete-Mir-361-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ete-Mir-361-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -62
Get sequence
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