| MirGeneDB ID | Cja-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-361-v1 Cfa-Mir-361-v1 Cpo-Mir-361-v1 Dno-Mir-361-v1 Eca-Mir-361-v1 Ete-Mir-361-v1 Hsa-Mir-361-v1 Laf-Mir-361 Mml-Mir-361-v1 Mmr-Mir-361-v1 Mmu-Mir-361-v1 Ocu-Mir-361-v1 Pab-Mir-361-v1 Rno-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 79960133-79960196 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v1) |
Mir-361-v1
CM021937.1: 79960133-79960196 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-361-v2 CM021937.1: 79960134-79960195 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cja-Mir-361-v1 |
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| Seed | UAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACAGUGAUUCUUUCCUGGGAUUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUUAUAAUUUAAAAAUGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCUCCCACUCUGACAAUCACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACAGUGAUUCUUUCCU-- UUU UU U--| A U UUUAUAA GGGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG AC U UCCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UG U GUCACUAACAGUCUCACCC CUU UU UGU^ A C UAAAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-361-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cja-Mir-361-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGC -64
Get sequence
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| Variant | Cja-Mir-361-v2 |
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| Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGUGAUUCUUUCCUGGGAUUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUUAUAAUUUAAAAAUGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCUCCCACUCUGACAAUCACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGUGAUUCUUUCCUG-- UUU UU U--| A U UUUAUAA GGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG AC U CCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UG U UCACUAACAGUCUCACCCU CUU UU UGU^ A C UAAAAAU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-361-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-361-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -62
Get sequence
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