| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-361-v1 Cfa-Mir-361-v1 Cja-Mir-361-v1 Cpo-Mir-361-v1 Dno-Mir-361-v1 Eca-Mir-361-v1 Ete-Mir-361-v1 Hsa-Mir-361-v1 Laf-Mir-361 Mml-Mir-361-v1 Mmr-Mir-361-v1 Mmu-Mir-361-v1 Pab-Mir-361-v1 Rno-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 76736121-76736183 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v1) |
Mir-361-v1
chrX: 76736121-76736183 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-361-v2 chrX: 76736122-76736182 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ocu-Mir-361-v1 |
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| Seed | UAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUGUGAUUCUUUUGCUGGGAAUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUACAAUUUGAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCUCCUUCUCCUCCUCUUUUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUGUGAUUCUUUUGCU-- AUU UU U--| A U UUACAAU GGGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG AC \ UCCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UG U AGUUUUCUCCUCCUCUUCC CUU UU UGU^ A C AAAAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-361-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-361-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGC -63
Get sequence
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| Variant | Ocu-Mir-361-v2 |
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| Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUGAUUCUUUUGCUGGGAAUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUACAAUUUGAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCUCCUUCUCCUCCUCUUUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGUGAUUCUUUUGCUG-- AUU UU U--| A U UACAAU GGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG ACU \ CCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U GUUUUCUCCUCCUCUUCCU CUU UU UGU^ A C AAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The mature form of this variant is most highly expressed as a 2 nt shorter form but is rarely accompanied by a 19 nt corresponding 5p star read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-361-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-361-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -61
Get sequence
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