| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-361-v1 Cfa-Mir-361-v1 Cja-Mir-361-v1 Cpo-Mir-361-v1 Dno-Mir-361-v1 Eca-Mir-361-v1 Ete-Mir-361-v1 Hsa-Mir-361-v1 Laf-Mir-361 Mml-Mir-361-v1 Mmr-Mir-361-v1 Ocu-Mir-361-v1 Pab-Mir-361-v1 Rno-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chrX: 113074827-113074888 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v1) |
Mir-361-v1
chrX: 113074827-113074888 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-361-v2 chrX: 113074828-113074887 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-361-v1 |
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| Seed | UAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACUAUGAUUCUUUCUUGGGACUCGGAAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAGUAUUUGAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGUUUCCCUCUCCUGCUCCUCCUCCUCCUCCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACUAUGAUUCUUUCUU-- CUC UU U--| A U UUAGUA GGGA GGAAGC AUCAGAAUC CC GGGG AC U UCCU CCUUUG UAGUCUUAG GG CCCC UG U UCCCUCCUCCUCCUCCUCG CUC UU UGU^ A C AAAAGU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-361-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000704 TargetScanVert: mmu-miR-361-5p miRDB: MIMAT0000704 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-361-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-361-3p miRDB: MIMAT0017075 |
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| Variant | Mmu-Mir-361-v2 |
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| Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUAUGAUUCUUUCUUGGGACUCGGAAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAGUAUUUGAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGUUUCCCUCUCCUGCUCCUCCUCCUCCUCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUAUGAUUCUUUCUUG-- CUC UU U--| A U UAGUA GGA GGAAGC AUCAGAAUC CC GGGG ACU U CCU CCUUUG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U CCCUCCUCCUCCUCCUCGU CUC UU UGU^ A C AAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The mature form of this variant is most highly expressed as a 2 nt shorter form but is rarely accompanied by a 19 nt corresponding 5p star read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-361-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000704 TargetScanVert: mmu-miR-361-5p miRDB: MIMAT0000704 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-361-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0017075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-361-3p miRDB: MIMAT0017075 |
