| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dsi-Mir-2-P1-v1 Dsi-Mir-2-P2a Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dsi-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P6a Dsi-Mir-2-P6b Dsi-Mir-2-P6c Dsi-Mir-2-P7 Dsi-Mir-2-P8 Dsi-Mir-2-P9-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-2-o9 Dan-Mir-2-P9 Dme-Mir-2-P9-v1 Dmo-Mir-2-P9 Dya-Mir-2-P9-v1 Gpa-Mir-2-P9 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
3R: 14842808-14842874 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P9-v2) |
Mir-3-P3
3R: 14842658-14842715 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P9-v1 3R: 14842807-14842875 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P9-v2 3R: 14842808-14842874 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dsi-Mir-2-P9-v2 |
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| Seed | AAGGAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCAUGCAUUUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAAGCAGCCUAGAUCCGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUC-- -| C UUUACCCAUG GAGUUAUCU AAGGAAAUAGUAGC GUGAU C CUCGAUAGA UUUCUUUGUCGUUG CACUA A AAGCCUAGAUCCGACGAAUGUUUU U^ A UACACUUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dsi-Mir-2-P9-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Dsi-Mir-2-P9-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGA -67
Get sequence
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| Variant | Dsi-Mir-2-P9-v1 |
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| Seed | UAAGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCAUGCAUUUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAAGCAGCCUAGAUCCGAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAUCGCGUCCUGAAUU- UC- -| C UUUACCCAUG UAUA GAGUUAUCU AAGGAAAUAGUAGC GUGAU C AUGU CUCGAUAGA UUUCUUUGUCGUUG CACUA A UAAGCCUAGAUCCGACGA UUU U^ A UACACUUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dsi-Mir-2-P9-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAU -22
Get sequence
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| Star sequence | Dsi-Mir-2-P9-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- CACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAU -69
Get sequence
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