| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-504-v1 Cfa-Mir-504-v1 Cja-Mir-504-v1 Dno-Mir-504-v1 Eca-Mir-504-v1 Ete-Mir-504-v1 Hsa-Mir-504-v1 Laf-Mir-504 Mml-Mir-504-v1 Mmr-Mir-504-v1 Mmu-Mir-504-v1 Ocu-Mir-504-v1 Pab-Mir-504-v1 Rno-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_79: 3501375-3501433 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v1) |
Mir-504-v1
scaffold_79: 3501375-3501433 [+]
UCSC
Mir-504-v2 scaffold_79: 3501376-3501432 [+] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-504-v1 |
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| Seed | GACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUGAAACGCUGACCCAGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUGUGCUUACUGAAGGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUACCACGGCAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUGAAACGCUGACCCA G- - G A A-| UGUGU GCU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC G CGG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG C GUACGGCACCAUCGGACA GA U G C GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-504-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGACCCUGGUCUGCACUCUAUC -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-504-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCC -59
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-504-v2 |
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| Seed | ACCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGAAACGCUGACCCAGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUGUGCUUACUGAAGGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUACCACGGCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAAACGCUGACCCAG- G - G A A-| UGUGU CU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC G GG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG C UACGGCACCAUCGGACACG A U G C GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-504-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACCCUGGUCUGCACUCUAUC -21
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-504-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GGGAGCGCAGGGCAGGGUUUC -57
Get sequence
|
