MirGeneDB ID | Cpo-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-504 Cfa-Mir-504-v2 Dno-Mir-504-v2 Ete-Mir-504-v2 Hsa-Mir-504-v2 Mml-Mir-504-v2 Mmu-Mir-504-v2 Ocu-Mir-504-v2 Rno-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_79: 3501376-3501432 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v2) |
Mir-504-v1
scaffold_79: 3501375-3501433 [+]
UCSC
Mir-504-v2 scaffold_79: 3501376-3501432 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGAAACGCUGACCCAGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUGUGCUUACUGAAGGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUACCACGGCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAAACGCUGACCCAG- G - G A A-| UGUGU CU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC G GG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG C UACGGCACCAUCGGACACG A U G C GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-504-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GACCCUGGUCUGCACUCUAUC -21
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-504-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- GGGAGCGCAGGGCAGGGUUUC -57
Get sequence
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