| MirGeneDB ID | Pab-Mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-504-v1 Cfa-Mir-504-v1 Cja-Mir-504-v1 Cpo-Mir-504-v1 Dno-Mir-504-v1 Eca-Mir-504-v1 Ete-Mir-504-v1 Hsa-Mir-504-v1 Laf-Mir-504 Mml-Mir-504-v1 Mmr-Mir-504-v1 Mmu-Mir-504-v1 Ocu-Mir-504-v1 Rno-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 144853287-144853345 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v1) |
Mir-504-v1
CM054702.2: 144853287-144853345 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-504-v2 CM054702.2: 144853288-144853344 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pab-Mir-504-v1 |
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| Seed | GACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUGGAAUGUUGAAUCAGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAUUCUUACUGAAGGGAGUGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGACUACCACCGUAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUGGAAUGUUGAAUCA G- - G A-| UGUAU GCU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGCACUCU UC U CGG GACA ACCCUUUGGGAC GGACGUGAGG AG C GUAUGCCACCAUCAGACA GA U G GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-504-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGACCCUGGUCUGCACUCUAUC -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-504-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGAGUGCAGGGCAGGGUUUCC -59
Get sequence
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| Variant | Pab-Mir-504-v2 |
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| Seed | ACCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGGAAUGUUGAAUCAGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAUUCUUACUGAAGGGAGUGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGACUACCACCGUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGGAAUGUUGAAUCAG- G - G A-| UGUAU CU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGCACUCU UC U GG GACA ACCCUUUGGGAC GGACGUGAGG AG C UAUGCCACCAUCAGACACG A U G GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-504-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACCCUGGUCUGCACUCUAUC -21
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-504-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GGGAGUGCAGGGCAGGGUUUC -57
Get sequence
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