| MirGeneDB ID | Dno-Mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-504-v1 Cfa-Mir-504-v1 Cja-Mir-504-v1 Cpo-Mir-504-v1 Eca-Mir-504-v1 Ete-Mir-504-v1 Hsa-Mir-504-v1 Laf-Mir-504 Mml-Mir-504-v1 Mmr-Mir-504-v1 Mmu-Mir-504-v1 Ocu-Mir-504-v1 Pab-Mir-504-v1 Rno-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH582387: 296732-296790 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v1) |
Mir-504-v1
JH582387: 296732-296790 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-504-v2 JH582387: 296733-296789 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dno-Mir-504-v1 |
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| Seed | GACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUGGAAUGUUGAAUCAGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGCCUGCACUCUGUCUGUAUGUUUAUUGAAGGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCGCAGGCUACCACCAUGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUGGAAUGUUGAAUCA G- - G A G-| UGUAU GCU CUGU UGGGAGACCCUG CCUGC CUCU UC G CGG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG U GCGUACCACCAUCGGACG GA U G C GA^ UUAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-504-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGACCCUGGCCUGCACUCUGUC -22
Get sequence
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| Star sequence | Dno-Mir-504-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCC -59
Get sequence
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| Variant | Dno-Mir-504-v2 |
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| Seed | ACCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGGAAUGUUGAAUCAGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGCCUGCACUCUGUCUGUAUGUUUAUUGAAGGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCGCAGGCUACCACCAUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGGAAUGUUGAAUCAG- G - G A G-| UGUAU CU CUGU UGGGAGACCCUG CCUGC CUCU UC G GG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG U CGUACCACCAUCGGACGCG A U G C GA^ UUAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-504-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACCCUGGCCUGCACUCUGUC -21
Get sequence
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| Star sequence | Dno-Mir-504-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GGGAGCGCAGGGCAGGGUUUC -57
Get sequence
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