| MirGeneDB ID | Ete-Mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-504-v1 Cfa-Mir-504-v1 Cja-Mir-504-v1 Cpo-Mir-504-v1 Dno-Mir-504-v1 Eca-Mir-504-v1 Hsa-Mir-504-v1 Laf-Mir-504 Mml-Mir-504-v1 Mmr-Mir-504-v1 Mmu-Mir-504-v1 Ocu-Mir-504-v1 Pab-Mir-504-v1 Rno-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980367: 6316013-6316071 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v1) |
Mir-504-v1
JH980367: 6316013-6316071 [+]
UCSC
Mir-504-v2 JH980367: 6316014-6316070 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ete-Mir-504-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUAAAAUGCUGACGCUGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAUGCUUACUGAGGGGAGAGCAGAGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUGCUGCCCUGUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUAAAAUGCUGACGCU G- - G A A-| UGUAU GCU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC G CGG GACA ACCCUUUGGGAC AGACG GAGG AG C GUGUCCCGUCGUCGGACA GA U G A GG^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ete-Mir-504-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGACCCUGGUCUGCACUCUAUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ete-Mir-504-v1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGAGAGCAGAGCAGGGUUUCC -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ete-Mir-504-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUAAAAUGCUGACGCUGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAUGCUUACUGAGGGGAGAGCAGAGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUGCUGCCCUGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGUAAAAUGCUGACGCUG- G - G A A-| UGUAU CU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC G GG GACA ACCCUUUGGGAC AGACG GAGG AG C UGUCCCGUCGUCGGACACG A U G A GG^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ete-Mir-504-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACCCUGGUCUGCACUCUAUC -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ete-Mir-504-v2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GGGAGAGCAGAGCAGGGUUUC -57
Get sequence
|
