| MirGeneDB ID | Cin-Mir-92-o75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cin-mir-367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cin-Mir-92-o69 Cin-Mir-92-o70 Cin-Mir-92-o71 Cin-Mir-92-o72 Cin-Mir-92-o73 Cin-Mir-92-o74 Cin-Mir-92-o76 Cin-Mir-92-o77 Cin-Mir-92-o78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ci3) |
HT000037.1: 5191-5250 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o75) |
Mir-92-o78
HT000037.1: 4884-4935 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-o77 HT000037.1: 4978-5031 [-] UCSC Ensembl Mir-92-o76 HT000037.1: 5092-5146 [-] UCSC Ensembl Mir-92-o75 HT000037.1: 5191-5250 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUACUAAAUUUAAAAGUACAGUUGGUGUUCAGUGCUAUUCAUGUGCAAGAGUUAAUACAGCCGUGCUAUUGCACAUUGGAAUGGUACUUACCACCAUGUACACAUGCUACAUAUAAUAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUACUAAAUUUAAAAGU----| GU UUC -- G UAAUA ACA UGGUG AGUGCUAUUC AUGUGCAA AGU C UGU ACCAC UCAUGGUAAG UACACGUU UCG A CUAUAAUAUACAUCGUACACA^ -- CAU GU A UGCCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cin-Mir-92-o75_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0016415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGCUAUUCAUGUGCAAGAGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cin-Mir-92-o75_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0016416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUUGCACAUUGGAAUGGUACUUA -60
Get sequence
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