| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-218-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-218-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-218-P2 Ami-Mir-218-P2 Bta-Mir-218-P2 Cja-Mir-218-P2 Cli-Mir-218-P2 Cmi-Mir-218-P2 Cpi-Mir-218-P2 Cpo-Mir-218-P2 Dno-Mir-218-P2 Dre-Mir-218-P2 Eca-Mir-218-P2 Ete-Mir-218-P2 Gga-Mir-218-P2 Gja-Mir-218-P2 Gmo-Mir-218-P2 Hsa-Mir-218-P2 Laf-Mir-218-P2 Lch-Mir-218-P2 Loc-Mir-218-P2 Mal-Mir-218-P2 Mdo-Mir-218-P2 Mml-Mir-218-P2 Mmr-Mir-218-P2 Mmu-Mir-218-P2 Mun-Mir-218-P2 Neu-Mir-218-P2 Oan-Mir-218-P2 Ocu-Mir-218-P2 Pab-Mir-218-P2 Pbv-Mir-218-P2 Pma-Mir-218-o2 Rno-Mir-218-P2 Sha-Mir-218-P2 Spt-Mir-218-P2 Sto-Mir-218-P2 Tgu-Mir-218-P2 Tni-Mir-218-P2 Xla-Mir-218-P2a Xla-Mir-218-P2b Xtr-Mir-218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr3: 89044709-89044772 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGUAGUGAUUAUGUAGCGAGAUUUUCUGUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUUGCCAGGUAUGAGUAAAACAUGGUUCCGUCAAGCACCAUGGAACGUCACGCAGCUUUCUACAGCAUGGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUGUAGUGAUUAUGUA--| A U U CU GGUUGCCAG GCG GAU UUCUGU GUGCUUGAU AACCAUGU G CGC CUG AAGGUA CACGAACUG UUGGUACA U ACGGUACGACAUCUUUCGA^ A C C CC AAAUGAGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts ranging from +1 to +4 on both arms but this represents the highest mature form across most vertebrates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-218-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU -21
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-218 miRDB: MIMAT0006672 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-218-P2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AUGGUUCCGUCAAGCACCAUG -64
Get sequence
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