| MirGeneDB ID | Cel-Bantam-P5c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | BANTAM (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-2209c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Bantam-P1 Cel-Bantam-P2 Cel-Bantam-P3 Cel-Bantam-P4 Cel-Bantam-P5a Cel-Bantam-P5b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Bantam Aga-Bantam Agr-Bantam Bge-Bantam Bko-Bantam Bpl-Bantam Cte-Bantam Dan-Bantam Dgr-Bantam Dlo-Bantam Dma-Bantam Dme-Bantam Dmo-Bantam Dpu-Bantam Dsi-Bantam Dya-Bantam Eba-Bantam Esc-Bantam Gpa-Bantam Gsa-Bantam Gsp-Bantam Hme-Bantam Hru-Bantam Lan-Bantam Lgi-Bantam Lhy-Bantam Llo-Bantam Mgi-Bantam Mom-Bantam Nag-Bantam Npo-Bantam Ofu-Bantam Ovu-Bantam Pau-Bantam Pcr-Bantam Ple-Bantam Pve-Bantam Sma-Bantam Sne-Bantam Snu-Bantam Tca-Bantam Tur-Bantam War-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIV: 1027219-1027281 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Bantam-P5c) |
Bantam-P5b
chrIV: 1021303-1021365 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2208-P1 chrIV: 1021772-1021832 [+] UCSC Ensembl Mir-2208-P2 chrIV: 1026580-1026640 [+] UCSC Ensembl Bantam-P5a chrIV: 1027102-1027164 [+] UCSC Ensembl Bantam-P5c chrIV: 1027219-1027281 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUCCGGAAAAACCAUGCCUCCCAAUGGUGAGUGUAACCGCACGUCUUGUUUCAAAACUCAAUAUAUGGAAAAAGACCACCGGUUACACUACAUUAUUGGUUGGAGUCUGAUUAAUAUUGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUCCGGAAAAACCAUG-- UC -| CAC G CAAAACU CC CCAAUGGUG AGUGUAACCG GUCUU UUU C GG GGUUAUUAC UCACAUUGGC CAGAA AAG A AACGUUAUAAUUAGUCUGA UU A^ CAC A GUAUAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Bantam-P5c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGUAACCGCACGUCUUGUUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011433 |
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| Mature sequence | Cel-Bantam-P5c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011434 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAAAGACCACCGGUUACACUACA -63
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011434 TargetScanWorm: cel-miR-2209c |
