| MirGeneDB ID | Cel-Mir-2208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-2208a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-2208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIV: 1021772-1021832 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2208-P1) |
Bantam-P5b
chrIV: 1021303-1021365 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2208-P1 chrIV: 1021772-1021832 [+] UCSC Ensembl Mir-2208-P2 chrIV: 1026580-1026640 [+] UCSC Ensembl Bantam-P5a chrIV: 1027102-1027164 [+] UCSC Ensembl Bantam-P5c chrIV: 1027219-1027281 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUUUCCUAUUCGGGGACCCGCCAGUGGUAAGUGUACCCGAAUCUGAUAUCCUAUCAUCUGAAAAAGGAUGCAGUUUCUGGUAUACUUCACCAUUGGCUGGGUCUCUUAGCACUGCACUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUUUUCCUAUUCGGGGA - -| C U A UAUCAU CCC GCCAGUGGU AAGUGUACC GAA CUG UAUCC C GGG CGGUUACCA UUCAUAUGG CUU GAC GUAGG U UUCACGUCACGAUUCUCU U C^ U U - AAAAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-2208-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0011427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGUGUACCCGAAUCUGAUAUCC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011427 TargetScanWorm: cel-miR-2208a |
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| Star sequence | Cel-Mir-2208-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUGCAGUUUCUGGUAUACUUCA -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011428 |
