| MirGeneDB ID | Bta-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-1-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-1-P1 Bta-Mir-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P3 Ami-Mir-1-P3 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P3 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P3 Cmi-Mir-1-P3 Cpi-Mir-1-P3 Cpo-Mir-1-P3 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P3 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P3 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P3 Gga-Mir-1-P3 Gja-Mir-1-P3 Gmo-Mir-1-P3 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P3 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P3 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P3 Mal-Mir-1-P3 Mdo-Mir-1-P3 Mml-Mir-1-P3 Mmu-Mir-1-P3 Mun-Mir-1-P3 Oan-Mir-1-P3 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P3 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P3 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o3 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P3 Sha-Mir-1-P3 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P3 Spu-Mir-1 Sto-Mir-1-P3 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P3 Tni-Mir-1-P3 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P3a Xla-Mir-1-P3b Xtr-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037340.1: 54745914-54745974 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P3) |
Mir-133-P3-v1
NC_037340.1: 54735670-54735729 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P3-v2 NC_037340.1: 54735670-54735729 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P3 NC_037340.1: 54745914-54745974 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCAUGCCCGCUGGACUACCUGCUUGGGAAACAUACUUCUUUAUGUGCCCAUAUGGACCUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUCAGGUCGGGAACUCUCUCGCUGGAGGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAUGCCCGCUGGACUA- -| GG A GC UGGACC CCUG CUUG A ACAUACUUCUUUAUGU CCAUA U GGGC GGAC U UGUAUGAAGAAAUGUA GGUAU G AAGGAGGUCGCUCUCUCAA U^ UU A A- CGAAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-1-P3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUACUUCUUUAUGUGCCCAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Bta-Mir-1-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-1 |
