| MirGeneDB ID | Ami-Mir-101-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-101-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-101-P1-v1 Ami-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-101-P2-v1 Bta-Mir-101-P2-v1 Cfa-Mir-101-P2-v1 Cja-Mir-101-P2-v1 Cli-Mir-101-P2-v1 Cmi-Mir-101-P2-v1 Cpi-Mir-101-P2-v1 Cpo-Mir-101-P2-v1 Dno-Mir-101-P2-v1 Dre-Mir-101-P2-v1 Eca-Mir-101-P2-v1 Ete-Mir-101-P2-v1 Gga-Mir-101-P2-v1 Gja-Mir-101-P2-v1 Gmo-Mir-101-P2-v1 Hsa-Mir-101-P2-v1 Laf-Mir-101-P2-v1 Lch-Mir-101-P2 Loc-Mir-101-P2-v1 Mal-Mir-101-P2-v1 Mdo-Mir-101-P2-v1 Mml-Mir-101-P2-v1 Mmr-Mir-101-P2-v1 Mmu-Mir-101-P2-v1 Mun-Mir-101-P2-v1 Neu-Mir-101-P2-v1 Oan-Mir-101-P2-v1 Ocu-Mir-101-P2-v1 Pab-Mir-101-P2-v1 Pbv-Mir-101-P2-v1 Rno-Mir-101-P2-v1 Sha-Mir-101-P2-v1 Spt-Mir-101-P2 Sto-Mir-101-P2-v1 Tgu-Mir-101-P2-v1 Tni-Mir-101-P2-v1 Xla-Mir-101-P2a-v1 Xla-Mir-101-P2b-v1 Xtr-Mir-101-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713772.1: 32263712-32263768 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-101-P2-v2) |
Mir-101-P2-v1
NW_017713772.1: 32263711-32263769 [+]
UCSC
Mir-101-P2-v2 NW_017713772.1: 32263712-32263768 [+] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-101-P2-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAUCAAUUAGACCAUGAACUGUCCUUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGGUGCUGUAUACGUGAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGAAUGAUGGUGCCAUCACAUGAGAGCUUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUAUCAAUUAGACCAUGA--| C CG GUAUA ACUGUC UUUUUCGGUUAUCAUGGUAC GUGCU C UGGUAG AAGAAGUCAAUAGUGUCAUG CAUGG G GUUUCGAGAGUACACUACCG^ U A- AAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-101-P2-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUUAUCAUGGUACCGGUGCUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-101-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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| Variant | Ami-Mir-101-P2-v1 |
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| Seed | ACAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUAUCAAUUAGACCAUGAACUGUCCUUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGGUGCUGUAUACGUGAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGAAUGAUGGUGCCAUCACAUGAGAGCUUUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUAUCAAUUAGACCAUGA--| C CG GUAUA ACUGUC UUUUUCGGUUAUCAUGGUAC GUGCU C UGGUAG AAGAAGUCAAUAGUGUCAUG CAUGG G AGUUUCGAGAGUACACUACCG^ U A- AAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-101-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGUUAUCAUGGUACCGGUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-101-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59
Get sequence
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