MirGeneDB ID | Xla-Mir-7-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-7-P1c Xla-Mir-7-P1d Xla-Mir-7-P2e Xla-Mir-7-P2f Xla-Mir-7-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Ami-Mir-7-P3 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P3 Cpi-Mir-7-P3 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dre-Mir-7-P3 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Gmo-Mir-7-P3 Hme-Mir-7 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P3 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P3 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P3 Mun-Mir-7-P3 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o3 Pmi-Mir-7 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P3 Spu-Mir-7 Tca-Mir-7 Tni-Mir-7-P3 Xbo-Mir-7 Xtr-Mir-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030739.1: 93433012-93433077 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAGUUCUUCAGUUUAUUUCUGGGUCGGUUUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUUUUAUAAAAGUUUGUCACAAACAGCAAAUCGUAGUCUCCACUCUGCCCCUGGAACCUGCCCCUCCCGAGGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAGUUCUUCAGUUUAU- -| U UU A G U UUUAUAAAA UUCU GGG CGG UGGA GACUA UGAUUU GUUGUU \ AAGG CCC GUC ACCU CUGAU GCUAAA CGACAA G AAGGAGCCCUCCCCGUCC U^ C UC - - - ACACUGUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xla-Mir-7-P3a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xla-Mir-7-P3a_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- ACAGCAAAUCGUAGUCUCCACU -66
Get sequence
|