| MirGeneDB ID | Ami-Mir-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-7b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-7-P1 Ami-Mir-7-P2 Ami-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-7 Aga-Mir-7 Agr-Mir-7 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P3 Cpi-Mir-7-P3 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dlo-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dre-Mir-7-P3 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Eba-Mir-7 Esc-Mir-7 Gmo-Mir-7-P3 Gpa-Mir-7 Gsa-Mir-7 Gsp-Mir-7 Hme-Mir-7 Hmi-Mir-7 Hru-Mir-7 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P3 Lgi-Mir-7 Llo-Mir-7 Loc-Mir-7-P3 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P3 Mgi-Mir-7 Mom-Mir-7 Mun-Mir-7-P3 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ofu-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pau-Mir-7 Pca-Mir-7 Pcr-Mir-7 Pdu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o3 Pmi-Mir-7 Pve-Mir-7 Rph-Mir-7 Sko-Mir-7 Sne-Mir-7 Snu-Mir-7 Spt-Mir-7-P3 Spu-Mir-7 Sro-Mir-7 Tca-Mir-7 Tni-Mir-7-P3 War-Mir-7 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P3a Xla-Mir-7-P3b Xtr-Mir-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709017.1: 525892-525956 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCUUCGUGCCGCUUGUGCCUGGGUCGGUCUGGAAGACUUGUGAUUUUGUUGUUUCUGGUGUCAAGGAAGCGAACAACAAAUCCCAGUCUCCUCACAGCCCCAGGGCCAGUCCCCAGCACCUGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCUUCGUGCCGCUUGUG--| UCG CU A U U U UCUGGUGU CCUGGG GU GGA GACU G GAUUU GUUGUU C GGACCC CA CCU CUGA C CUAAA CAACAA A CGGUCCACGACCCCUGACCG^ CGA CU - - C - GCGAAGGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-7-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAGACUUGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-7-P3_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- ACAACAAAUCCCAGUCUCCUCA -65
Get sequence
|
