MirGeneDB ID | Xtr-Mir-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-7-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-7-P1 Xtr-Mir-7-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aga-Mir-7 Agr-Mir-7 Ami-Mir-7-P3 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P3 Cpi-Mir-7-P3 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dlo-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dre-Mir-7-P3 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Eba-Mir-7 Esc-Mir-7 Gmo-Mir-7-P3 Gpa-Mir-7 Gsa-Mir-7 Gsp-Mir-7 Hme-Mir-7 Hmi-Mir-7 Hru-Mir-7 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P3 Lgi-Mir-7 Llo-Mir-7 Loc-Mir-7-P3 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P3 Mgi-Mir-7 Mom-Mir-7 Mun-Mir-7-P3 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ofu-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pau-Mir-7 Pca-Mir-7 Pcr-Mir-7 Pdu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o3 Pmi-Mir-7 Pve-Mir-7 Rph-Mir-7 Sko-Mir-7 Sne-Mir-7 Snu-Mir-7 Spt-Mir-7-P3 Spu-Mir-7 Sro-Mir-7 Tca-Mir-7 Tni-Mir-7-P3 War-Mir-7 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P3a Xla-Mir-7-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr8: 111833887-111833952 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGCUCUUCACUUUAUUUCUGGGUCGGUUUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUUUUAUAAAAGUUUGUCACAAACAGCAAAUCGUAGUCUCCACUCUGCCCCAGGAGCCUGCCCUUCUGUAUCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGCUCUUCACUUUAU--| U UU A G U UUUAUAAAA UUCUGGG CGG UGGA GACUA UGAUUU GUUGUU \ AGGACCC GUC ACCU CUGAU GCUAAA CGACAA G GUCUAUGUCUUCCCGUCCG^ C UC - - - ACACUGUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xtr-Mir-7-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-7 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xtr-Mir-7-P3_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- ACAGCAAAUCGUAGUCUCCACU -66
Get sequence
|