| MirGeneDB ID | Tni-Mir-142-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-142a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-142-P2-v1 Bta-Mir-142-P2-v1 Cfa-Mir-142-P2-v1 Cja-Mir-142-P2-v1 Cli-Mir-142-P2-v1 Cmi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpo-Mir-142-P2-v1 Dno-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v1 Eca-Mir-142-P2-v1 Ete-Mir-142-P2-v1 Gga-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P2-v1 Hsa-Mir-142-P2-v1 Lch-Mir-142-P2 Loc-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P2-v1 Mdo-Mir-142-P2-v1 Mml-Mir-142-P2-v1 Mmr-Mir-142-P2-v1 Mmu-Mir-142-P2-v1 Neu-Mir-142-P2-v1 Oan-Mir-142-P2-v1 Ocu-Mir-142-P2-v1 Pab-Mir-142-P2-v1 Rno-Mir-142-P2-v1 Sha-Mir-142-P2-v1 Spt-Mir-142-P2 Sto-Mir-142-P2-v1 Tgu-Mir-142-P2-v1 Xla-Mir-142-P2a1-v1 Xla-Mir-142-P2a2-v1 Xla-Mir-142-P2b1-v1 Xla-Mir-142-P2b2-v1 Xtr-Mir-142-P2a-v1 Xtr-Mir-142-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
7: 2557223-2557282 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P2-v3) |
Mir-142-P2-v4
7: 2557221-2557284 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P2-v1 7: 2557223-2557282 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v2 7: 2557223-2557282 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v3 7: 2557223-2557282 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-142-P2-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGACGCGUGCUUGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCUUCGCCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGUCUUCAGGGAGACGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGACGCGUGCUUGUA--| G A UAAACUCU CAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CAGCAGAGGGACUUCUGUU^ G C UGACACCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-142-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0002909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Tni-Mir-142-P2-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Tni-Mir-142-P2-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGACGCGUGCUUGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCUUCGCCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGUCUUCAGGGAGACGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGACGCGUGCUUGUA--| G A UAAACUCU CAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CAGCAGAGGGACUUCUGUU^ G C UGACACCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-142-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Tni-Mir-142-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tni-Mir-142-P2-v2 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGACGCGUGCUUGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCUUCGCCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGUCUUCAGGGAGACGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGACGCGUGCUUGUA--| G A UAAACUCU CAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CAGCAGAGGGACUUCUGUU^ G C UGACACCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-142-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Tni-Mir-142-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Tni-Mir-142-P2-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUGGACGCGUGCUUGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCUUCGCCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGUCUUCAGGGAGACGACGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGUGGACGCGUGCUUGU--| G A UAAACUCU ACAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC U UGUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCAGCAGAGGGACUUCUGU^ G C UGACACCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-142-P2-v4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-142-P2-v4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -64
Get sequence
|
