| MirGeneDB ID | Dno-Mir-142-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-142-P2-v1 Bta-Mir-142-P2-v1 Cfa-Mir-142-P2-v1 Cja-Mir-142-P2-v1 Cli-Mir-142-P2-v1 Cmi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpo-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v1 Eca-Mir-142-P2-v1 Ete-Mir-142-P2-v1 Gga-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P2-v1 Hsa-Mir-142-P2-v1 Lch-Mir-142-P2 Loc-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P2-v1 Mdo-Mir-142-P2-v1 Mml-Mir-142-P2-v1 Mmr-Mir-142-P2-v1 Mmu-Mir-142-P2-v1 Neu-Mir-142-P2-v1 Oan-Mir-142-P2-v1 Ocu-Mir-142-P2-v1 Pab-Mir-142-P2-v1 Rno-Mir-142-P2-v1 Sha-Mir-142-P2-v1 Spt-Mir-142-P2 Sto-Mir-142-P2-v1 Tgu-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v1 Xla-Mir-142-P2a1-v1 Xla-Mir-142-P2a2-v1 Xla-Mir-142-P2b1-v1 Xla-Mir-142-P2b2-v1 Xtr-Mir-142-P2a-v1 Xtr-Mir-142-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH568468: 518900-518958 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P2-v1) |
Mir-142-P2-v1
JH568468: 518900-518958 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P2-v2 JH568468: 518900-518958 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v3 JH568468: 518900-518958 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v4 JH568468: 518900-518960 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dno-Mir-142-P2-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAUACGGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACGCCGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAUACGGACAGACAGA--| G C A UAACAGCA CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCCGCAGAGGCUUCGGGU^ G A C UGGGAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Mature sequence | Dno-Mir-142-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-142-P2-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dno-Mir-142-P2-v2 |
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| Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAUACGGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACGCCGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCAUACGGACAGACAGA--| G C A UAACAGCA CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCCGCAGAGGCUUCGGGU^ G A C UGGGAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dno-Mir-142-P2-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-142-P2-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dno-Mir-142-P2-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAUACGGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACGCCGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCAUACGGACAGACAGA--| G C A UAACAGCA CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCCGCAGAGGCUUCGGGU^ G A C UGGGAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dno-Mir-142-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-142-P2-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dno-Mir-142-P2-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCAUACGGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACGCCGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGCAUACGGACAGACAG| G C A UAACAGCA ACAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ UGUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCCGCAGAGGCUUCGGG^ G A C UGGGAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-142-P2-v4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-142-P2-v4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
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