| MirGeneDB ID | Tni-Mir-140-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-140-P2-v1 Ami-Mir-140-P2-v1 Bta-Mir-140-P2-v1 Cfa-Mir-140-P2-v1 Cja-Mir-140-P2-v1 Cli-Mir-140-P2-v1 Cmi-Mir-140-P2-v1 Cpi-Mir-140-P2-v1 Cpo-Mir-140-P2-v1 Dno-Mir-140-P2-v1 Dre-Mir-140-P2-v1 Eca-Mir-140-P2-v1 Ete-Mir-140-P2-v1 Gga-Mir-140-P2-v1 Gja-Mir-140-P2-v1 Gmo-Mir-140-P2-v1 Hsa-Mir-140-P2-v1 Lch-Mir-140-P2 Loc-Mir-140-P2-v1 Mal-Mir-140-P2-v1 Mdo-Mir-140-P2-v1 Mml-Mir-140-P2-v1 Mmr-Mir-140-P2-v1 Mmu-Mir-140-P2-v1 Mun-Mir-140-P2-v1 Neu-Mir-140-P2-v1 Oan-Mir-140-P2-v1 Ocu-Mir-140-P2-v1 Pab-Mir-140-P2-v1 Pma-Mir-140-o2 Rno-Mir-140-P2-v1 Sha-Mir-140-P2-v1 Spt-Mir-140-P2 Sto-Mir-140-P2-v1 Tgu-Mir-140-P2-v1 Xla-Mir-140-P2a-v1 Xla-Mir-140-P2b-v1 Xtr-Mir-140-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
13: 1172500-1172561 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-140-P2-v1) |
Mir-140-P2-v1
13: 1172500-1172561 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-140-P2-v2 13: 1172500-1172561 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-140-P2-v1 |
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| Seed | CCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCAUUGUGUCUCUGUCUCUGGUGUCACGUCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUGACAUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACGGGAUGUCGGAGGGUGUCUGCGUCCAUGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCAUUGUGUCUCUGUC--| UG A A A GUGACAU UCUGG UC CGUC GUGGUUUUACCCU UGGUAG C AGGCU AG GCAG CACCAAGAUGGGA ACCAUC A GCGUACCUGCGUCUGUGGG^ GU G G C UUGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-140-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-140-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-140-P2-v2 |
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| Seed | ACCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCAUUGUGUCUCUGUCUCUGGUGUCACGUCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUGACAUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACGGGAUGUCGGAGGGUGUCUGCGUCCAUGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCAUUGUGUCUCUGUC--| UG A A A UGACAU UCUGG UC CGUC GUGGUUUUACCCU UGGUAGG C AGGCU AG GCAG CACCAAGAUGGGA ACCAUCU A GCGUACCUGCGUCUGUGGG^ GU G G C UGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-140-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-140-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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