| MirGeneDB ID | Dre-Mir-140-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-140-P2-v1 Ami-Mir-140-P2-v1 Bta-Mir-140-P2-v1 Cfa-Mir-140-P2-v1 Cja-Mir-140-P2-v1 Cli-Mir-140-P2-v1 Cmi-Mir-140-P2-v1 Cpi-Mir-140-P2-v1 Cpo-Mir-140-P2-v1 Dno-Mir-140-P2-v1 Eca-Mir-140-P2-v1 Ete-Mir-140-P2-v1 Gga-Mir-140-P2-v1 Gja-Mir-140-P2-v1 Gmo-Mir-140-P2-v1 Hsa-Mir-140-P2-v1 Lch-Mir-140-P2 Loc-Mir-140-P2-v1 Mal-Mir-140-P2-v1 Mdo-Mir-140-P2-v1 Mml-Mir-140-P2-v1 Mmr-Mir-140-P2-v1 Mmu-Mir-140-P2-v1 Mun-Mir-140-P2-v1 Neu-Mir-140-P2-v1 Oan-Mir-140-P2-v1 Ocu-Mir-140-P2-v1 Pab-Mir-140-P2-v1 Pma-Mir-140-o2 Rno-Mir-140-P2-v1 Sha-Mir-140-P2-v1 Spt-Mir-140-P2 Sto-Mir-140-P2-v1 Tgu-Mir-140-P2-v1 Tni-Mir-140-P2-v1 Xla-Mir-140-P2a-v1 Xla-Mir-140-P2b-v1 Xtr-Mir-140-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr25: 34791384-34791445 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-140-P2-v1) |
Mir-140-P2-v1
chr25: 34791384-34791445 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-140-P2-v2 chr25: 34791384-34791445 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-140-P2-v1 |
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| Seed | CCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUGUCUGUGUUUGUCUCCUGUGUCCCGUCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACGGGAUGUCUGGAGGUGUCUGCGUCGCCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUGUCUGUGUUUGUC- U-|UG A A GUUACGU UCC G UCCCGUC GUGGUUUUACCCU UGGUAG C AGG U AGGGCAG CACCAAGAUGGGA ACCAUC A GUCCCGCUGCGUCUGUGG UC^GU G C UUGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-140-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-140 |
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| Mature sequence | Dre-Mir-140-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-140-P2-v2 |
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| Seed | ACCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUGUCUGUGUUUGUCUCCUGUGUCCCGUCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACGGGAUGUCUGGAGGUGUCUGCGUCGCCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUGUCUGUGUUUGUC- U-|UG A A UUACGU UCC G UCCCGUC GUGGUUUUACCCU UGGUAGG C AGG U AGGGCAG CACCAAGAUGGGA ACCAUCU A GUCCCGCUGCGUCUGUGG UC^GU G C UGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-140-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-140 |
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| Mature sequence | Dre-Mir-140-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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