| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-140-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-140-P2-v1 Ami-Mir-140-P2-v1 Bta-Mir-140-P2-v1 Cfa-Mir-140-P2-v1 Cja-Mir-140-P2-v1 Cli-Mir-140-P2-v1 Cmi-Mir-140-P2-v1 Cpi-Mir-140-P2-v1 Cpo-Mir-140-P2-v1 Dno-Mir-140-P2-v1 Dre-Mir-140-P2-v1 Eca-Mir-140-P2-v1 Ete-Mir-140-P2-v1 Gga-Mir-140-P2-v1 Gja-Mir-140-P2-v1 Gmo-Mir-140-P2-v1 Hsa-Mir-140-P2-v1 Lch-Mir-140-P2 Loc-Mir-140-P2-v1 Mal-Mir-140-P2-v1 Mdo-Mir-140-P2-v1 Mml-Mir-140-P2-v1 Mmr-Mir-140-P2-v1 Mmu-Mir-140-P2-v1 Mun-Mir-140-P2-v1 Neu-Mir-140-P2-v1 Oan-Mir-140-P2-v1 Ocu-Mir-140-P2-v1 Pab-Mir-140-P2-v1 Pma-Mir-140-o2 Rno-Mir-140-P2-v1 Sha-Mir-140-P2-v1 Spt-Mir-140-P2 Sto-Mir-140-P2-v1 Tgu-Mir-140-P2-v1 Tni-Mir-140-P2-v1 Xla-Mir-140-P2a-v1 Xla-Mir-140-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 62459953-62460014 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-140-P2-v1) |
Mir-140-P2-v1
chr4: 62459953-62460014 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-140-P2-v2 chr4: 62459953-62460014 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xtr-Mir-140-P2-v1 |
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| Seed | CCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCUGCUAUCUCUCCCUCUCUGUGUCCUCCCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAGGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGAUACGGGGAGCUCUCAACAUGGAGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCUGCUAUCUCUCCCU-- C-| A A GUUACGU CUCUGUGUCCU CC GUGGUUUUACCCU UGGUAG C GGGGCAUAGGA GG CACCAAGAUGGGA ACCAUC A GACGAGGUACAACUCUCGA CA^ - C UUGUCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-140-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-140 |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-140-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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| Variant | Xtr-Mir-140-P2-v2 |
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| Seed | ACCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCUGCUAUCUCUCCCUCUCUGUGUCCUCCCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAGGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGAUACGGGGAGCUCUCAACAUGGAGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCUGCUAUCUCUCCCU-- C-| A A UUACGU CUCUGUGUCCU CC GUGGUUUUACCCU UGGUAGG C GGGGCAUAGGA GG CACCAAGAUGGGA ACCAUCU A GACGAGGUACAACUCUCGA CA^ - C UGUCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-140-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-140 |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-140-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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