| MirGeneDB ID | Tca-Mir-92-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-92b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-92-P3 Tca-Mir-92-P14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-92-P4 Aga-Mir-92-P4 Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o4 Bge-Mir-92-P4 Bla-Mir-92-o4 Cel-Mir-92 Dan-Mir-92-P4 Dlo-Mir-92-P4 Dma-Mir-92-P4 Dme-Mir-92-P4 Dmo-Mir-92-P4 Dpu-Mir-92-P4 Dsi-Mir-92-P4 Dya-Mir-92-P4 Esc-Mir-92 Gpa-Mir-92-P4 Gsp-Mir-92 Hme-Mir-92-P4 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG8: 3039554-3039615 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P4) |
Mir-92-P3
LG8: 3039003-3039061 [+]
Ensembl
Mir-92-P4 LG8: 3039554-3039615 [+] Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCCGUUUCAUGCUGAAGGCUGUGUCGUUUAGGUCGUGUCUUGUGCAACUUGUGGUUUUUUCAUUAGUCAAAUUGCACUUGUCCCGGCCUGCAAGGCACAGUCACGCCAUCUCUAAUAUUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUCCGUUUCAUGCUGAA--| GUU UGUCUU C UGGUUUU GGCUGUGUC UAGGUCG GUGCAA UUG U CUGACACGG GUCCGGC CACGUU AAC U AAUUAUAAUCUCUACCGCA^ AAC CCUGUU A UGAUUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-92-P4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCGUGUCUUGUGCAACUUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-92-P4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAUUGCACUUGUCCCGGCCUGC -62
Get sequence
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