| MirGeneDB ID | Sro-Mir-10-P1w | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roscoff worm (Symsagittifera roscoffensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sro-Mir-10-P1x | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P1-v1 Agr-Mir-10-P1 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v1 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dgr-Mir-10-P1 Dlo-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Eba-Mir-10-P1 Efe-Mir-10-P1 Egr-Mir-10-P1 Gpa-Mir-10-P1 Gsp-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hru-Mir-10-P1 Isc-Mir-10-P1-v1 Lgi-Mir-10-P1 Lhy-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P1 Mgi-Mir-10-P1 Mom-Mir-10-P1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P1 Pau-Mir-10-P1 Pca-Mir-10-P1 Pdu-Mir-10-P1 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P1 Rph-Mir-10-P1 Sko-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P1 Tca-Mir-10-P1-v1 War-Mir-10-P1 Xbo-Mir-10-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. roscoffensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_025153585.1_SymRos_1_5_genomic) |
JANVAR010000364.1: 599067-599140 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P1w) |
Mir-10-P1w
JANVAR010000364.1: 599067-599140 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P1x JANVAR010000364.1: 599494-599556 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAAAAAAAUCAAAGUUAGAAUCUUACGCCACCCUGUAAGAUGAGCGGGUUGAAAUUAUUUCAUAAAAAAUGAUACAAUCAACCCGGUUUCUUACAGGGAUCGAUAAAAUUCUAAUCGCUUCUCACUUUGAAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAAAAAAAAUCAAAGU-- C -| CCA U G AAAUUAUUUCAUA UAGAAU UUA CG CCCUGUAAGA GA CGGGUUG \ AUCUUA AAU GC GGGACAUUCU UU GCCCAAC A UAAGUUUCACUCUUCGCUA A A^ UA- - G UAACAUAGUAAAA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sro-Mir-10-P1w_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACCCUGUAAGAUGAGCGGGUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sro-Mir-10-P1w_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
52- ACCCGGUUUCUUACAGGGAUCG -74
Get sequence
|
