| MirGeneDB ID | Snu-Mir-1989 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1989 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1989 Cte-Mir-1989 Hru-Mir-1989-P4a Hru-Mir-1989-P4b Lan-Mir-1989-P1 Lan-Mir-1989-P2 Lan-Mir-1989-P3 Lgi-Mir-1989 Llo-Mir-1989 Mgi-Mir-1989 Mom-Mir-1989 Npo-Mir-1989 Ofu-Mir-1989 Pau-Mir-1989 Pcr-Mir-1989 Pdu-Mir-1989-P5 Pdu-Mir-1989-P6 Pdu-Mir-1989-P7 Pdu-Mir-1989-P8 Pdu-Mir-1989-P9 Pdu-Mir-1989-P10 Pve-Mir-1989 Rph-Mir-1989 Sma-Mir-1989 Sme-Mir-1989 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Platytrochozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049319.1: 15630906-15630965 [+] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUGU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACCGGUACAGAGACAGACCUCCUCGCAUGUCAGCUGUCAUGAUGCCUUCUUCUGAUUAUGUAAAUGAAGGAGGCAUUUUAACGGCUGGGGUGUCAAGGGUCAAAGCAGCACAUUCAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACCGGUACAGAGACAG--| CCUC G CAU CUGAUUA ACCU GCAU UCAGCUGU GAUGCCUUCUU \ UGGG UGUG GGUCGGCA UUACGGAGGAA U AAAACUUACACGACGAAAC^ AAC- G AUU GUAAAUG . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Snu-Mir-1989_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGCUGUCAUGAUGCCUUCUU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Snu-Mir-1989_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GGAGGCAUUUUAACGGCUGGG -60
Get sequence
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