| MirGeneDB ID | Agr-Mir-1989 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1989 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-1989 Hru-Mir-1989-P4a Hru-Mir-1989-P4b Lan-Mir-1989-P1 Lan-Mir-1989-P2 Lan-Mir-1989-P3 Lgi-Mir-1989 Llo-Mir-1989 Mgi-Mir-1989 Mom-Mir-1989 Npo-Mir-1989 Ofu-Mir-1989 Pau-Mir-1989 Pcr-Mir-1989 Pdu-Mir-1989-P5 Pdu-Mir-1989-P6 Pdu-Mir-1989-P7 Pdu-Mir-1989-P8 Pdu-Mir-1989-P9 Pdu-Mir-1989-P10 Pve-Mir-1989 Rph-Mir-1989 Sma-Mir-1989 Sme-Mir-1989 Snu-Mir-1989 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Platytrochozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000001.1: 31989608-31989664 [-] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUGU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGGCGUUUGCUUGUGGUGGUUUUGUUGGUCAGCUGUCACGAUGCCUUCUUGUUUAGAGACAGAGAAGUCUUUGUGACAACUGAACAACAGGCCGCUGAUUUCAGGUCCAUGCUUUGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGGCGUUUGCUUGUG---| U G C UGC GUUUA GUGGUUU GUUG UCAG UGUCACGA CUUCUU \ CGCCGGA CAAC AGUC ACAGUGUU GAAGAG G UUUCGUACCUGGACUUUAGU^ - A A UCU ACAGA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Agr-Mir-1989_5p |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGCUGUCACGAUGCCUUCUU -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Agr-Mir-1989_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GAAGUCUUUGUGACAACUGAAC -57
Get sequence
|
