| MirGeneDB ID | Rph-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1989 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1989 Cte-Mir-1989 Hru-Mir-1989-P4a Hru-Mir-1989-P4b Lan-Mir-1989-P1 Lan-Mir-1989-P2 Lan-Mir-1989-P3 Lgi-Mir-1989 Llo-Mir-1989 Mgi-Mir-1989 Mom-Mir-1989 Npo-Mir-1989 Ofu-Mir-1989 Pau-Mir-1989 Pcr-Mir-1989 Pdu-Mir-1989-P5 Pdu-Mir-1989-P6 Pdu-Mir-1989-P7 Pdu-Mir-1989-P8 Pdu-Mir-1989-P9 Pdu-Mir-1989-P10 Pve-Mir-1989 Sma-Mir-1989 Sme-Mir-1989 Snu-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
QUSP01004575.1: 5057-5116 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUUGGAAGAAAUGUUUGAAACUUUUGUUUCAGCUGUCAUGAUGCUUUCUUGUGUUUUUUAGAUUAAGAAAGAAUUAUAACAGUUGUAAUAAAGGUUUCUUUAUCAAAGACUCAGGUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUUGGAAGAAAUGUUU--| U C G GUGUUU GAAACUUUUGUU CAGCUGU AUGAU CUUUCUU U CUUUGGAAAUAA GUUGACA UAUUA GAAAGAA U CAUGGACUCAGAAACUAUUU^ U A A UUAGAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Rph-Mir-1989_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGCUGUCAUGAUGCUUUCUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Rph-Mir-1989_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAAAGAAUUAUAACAGUUGUAA -60
Get sequence
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