MirGeneDB ID | Sme-Mir-10-P3t | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-125b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-10-P1s Sme-Mir-10-P1t Sme-Mir-10-P3s Sme-Mir-10-P3u | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P3 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P3 Agr-Mir-10-P3 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P3 Bfl-Mir-10-P3 Bge-Mir-10-P3 Bko-Mir-10-P3 Bla-Mir-10-P3 Bpl-Mir-10-P3 Cin-Mir-10-P3 Cte-Mir-10-P3 Dan-Mir-10-P3 Dlo-Mir-10-P3 Dma-Mir-10-P3 Dme-Mir-10-P3 Dmo-Mir-10-P3 Dpu-Mir-10-P3 Dsi-Mir-10-P3 Dya-Mir-10-P3 Eba-Mir-10-P3 Egr-Mir-10-P3 Esc-Mir-10-P3 Gpa-Mir-10-P3 Gsa-Mir-10-P3 Gsp-Mir-10-P3 Hru-Mir-10-P3 Isc-Mir-10-P3 Lan-Mir-10-P3 Lgi-Mir-10-P3 Lhy-Mir-10-P3 Llo-Mir-10-P3 Mgi-Mir-10-P3 Mom-Mir-10-P3 Nag-Mir-10-P3-v1 Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P3 Ofu-Mir-10-P3 Ovu-Mir-10-P3 Pau-Mir-10-P3 Pca-Mir-10-P3 Pcr-Mir-10-P3 Pdu-Mir-10-P3 Ple-Mir-10-P3 Pmi-Mir-10-P3 Pve-Mir-10-P3 Rph-Mir-10-P3 Sko-Mir-10-P3 Snu-Mir-10-P3 Spu-Mir-10-P3 Tca-Mir-10-P3 War-Mir-10-P3 Xbo-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000057_dd_Smes_g4_57: 685972-686034 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCUGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUAUUCCAUUUCUGCAAGUUAUUCGACAUCCCUGAGAUCAUAAUAUGCCUGAGAUUUGAACGCAAACCGGUAGAUUAUUGUCUCAGAGUAAUUGAUAAACUGCAAACUUCAAUUUUAAAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUAUUCCAUUUCUGCA--| AU CAUCC C A UGAGAUUUG AGUU UCGA CUGAGAU AUAAU UGCC \ UCAA AGUU GACUCUG UAUUA AUGG A CUAAAUUUUAACUUCAAACG^ AU AAUGA U G CCAAACGCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sme-Mir-10-P3t_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCCUGAGAUCAUAAUAUGCCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sme-Mir-10-P3t_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- GUAGAUUAUUGUCUCAGAGUAA -63
Get sequence
|