| MirGeneDB ID | Sme-Mir-10-P1t | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sme-mir-10b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sme-Mir-10-P1s Sme-Mir-10-P3s Sme-Mir-10-P3t Sme-Mir-10-P3u | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Aae-Mir-10-P1-v2 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bfl-Mir-10-P1-v2 Bge-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v2 Bla-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v2 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cgi-Mir-10-P1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v2 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dpu-Mir-10-P1-v2 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hme-Mir-10-P1-v2 Isc-Mir-10-P1-v1 Isc-Mir-10-P1-v2 Lgi-Mir-10-P1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Sko-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P1 Tca-Mir-10-P1-v1 Tca-Mir-10-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000031_dd_Smes_g4_31: 3745155-3745233 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUUUCUCUCAUUGACUGUCACCGAUCUGAACCCUGUAGAUCCGAGUUUGAUUAAUGCCAAUGUUGAGUUUUGAAGCAUUUCAAUCAAAAUCGAAUCUUCAAGGUGAAGCUGGUGAUAGAAAUCAUCAAAGAAUUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUUUCUCUCAUUGAC---| AU GA C U C G UUAAUGCCAAUGUUGA UGUCACCG CU ACC UG AGAU CGA UUUGA \ AUAGUGGU GA UGG AC UCUA GCU AAACU G UAUUUAAGAAACUACUAAAG^ C- AG A U A A AACUUUACGAAGUUUU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sme-Mir-10-P1t_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACCCUGUAGAUCCGAGUUUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sme-Mir-10-P1t_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003974 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
57- AAAAUCGAAUCUUCAAGGUGAA -79
Get sequence
|
