MirGeneDB ID | Rno-Mir-666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-666 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mmu-Mir-666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr6: 133866541-133866601 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-666) |
Mir-154-P7
chr6: 133857715-133857772 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P13 chr6: 133858859-133858914 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chr6: 133859329-133859383 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v2 chr6: 133859330-133859382 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8 chr6: 133860500-133860556 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v2 chr6: 133861214-133861269 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v1 chr6: 133861214-133861269 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chr6: 133861509-133861566 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4-o1 chr6: 133862190-133862249 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chr6: 133864385-133864440 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29-v1 chr6: 133864729-133864785 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29-v2 chr6: 133864730-133864784 [+] UCSC Ensembl Mir-666 chr6: 133866541-133866601 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 chr6: 133866672-133866729 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chr6: 133868298-133868357 [+] UCSC Ensembl Mir-667 chr6: 133869584-133869647 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chr6: 133872453-133872510 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chr6: 133873110-133873167 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 chr6: 133873618-133873675 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 chr6: 133874161-133874223 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chr6: 133876615-133876677 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chr6: 133877137-133877194 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 chr6: 133877840-133877901 [+] UCSC Ensembl Mir-544 chr6: 133879179-133879235 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 chr6: 133884190-133884247 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chr6: 133884554-133884614 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chr6: 133885310-133885368 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P1 chr6: 133888600-133888657 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v2 chr6: 133889296-133889351 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v1 chr6: 133889297-133889350 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6 chr6: 133890697-133890756 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chr6: 133892668-133892733 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P36 chr6: 133893432-133893485 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 chr6: 133893579-133893634 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chr6: 133893706-133893761 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chr6: 133894007-133894062 [+] UCSC Ensembl Mir-3072 chr6: 133898823-133898879 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUCUACAAGAUCCUGAUUCUGCCUGCGUGGAGCGGGCACGGCUGUGAGAGCCCCCUAGGUACAGCGGGGCUGCAGCGUGAUCGCCUGCUCACGCACAGGAAGUGACGACAGCGGUACACAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUCUACAAGAUCCUGAUU- G C - A-- -| GAG CUAGG CU CCUG GUG GAGCGGGC CG GCUGU AGCCCC \ GA GGAC CGC CUCGUCCG GU CGACG UCGGGG U AACACAUGGCGACAGCAGU A A A CUA G^ --- CGACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Rno-Mir-666_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCGGGCACGGCUGUGAGAGCCCC -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0012855 TargetScanVert: rno-miR-666-5p miRDB: MIMAT0012855 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Rno-Mir-666_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0017371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GGCUGCAGCGUGAUCGCCUGCUCA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-666-3p miRDB: MIMAT0017371 |