MirGeneDB ID | Pma-Mir-92-P1g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-92a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-92-P1h Pma-Mir-92-P1o1 Pma-Mir-92-P2g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046115.1: 752414-752471 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1g) |
Mir-17-P1g
NC_046115.1: 748761-748823 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2g NC_046115.1: 749056-749119 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P3g NC_046115.1: 749682-749742 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1g NC_046115.1: 750373-750438 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4g NC_046115.1: 751997-752055 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2g NC_046115.1: 752202-752261 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1g NC_046115.1: 752414-752471 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2g NC_046115.1: 754312-754371 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUUAUACAACGCGUUCCCUGUCCCGCUGAGGUCAGGAUGGGCAGCAAUGCGUGACUAGAUCCUGUAUUGCACUCGUCCCGGCCUUAGCGAGAUUUAUCGGGUAUCCGAUCAUUUUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UCUUUAUACAACGCGUUCCCU--| C A CA UGACU GUC CGCUGAGGUC GGAUGGG GCAAUGCG \ UAG GCGAUUCCGG CCUGCUC CGUUAUGU A CUUUUACUAGCCUAUGGGCUAUU^ A C A- CCUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-92-P1g_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUCAGGAUGGGCAGCAAUGCG -23
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-92-P1g_3p |
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mirBase accession | MIMAT0019435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAUUGCACUCGUCCCGGCCUUA -58
Get sequence
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